Di barisan Ultimate Ninja Series, pemain mengawal salah satu watak dalam anime dan manga Naruto . Matlamat sederhana adalah melawan watak lawan dan menang dengan mengurangkan kesihatan mereka menjadi sifar. Bersama dengan pelbagai senjata yang tersedia untuk watak-watak itu juga mempunyai pelbagai kebolehan khas mereka yang diambil langsung dari siri ini (Rasengan (螺旋丸, lit. sfera lingkaran) Naruto Uzumaki atau Chidori (千鳥, lit. "Seribu Burung") Sasuke Uchiha, misalnya). Namun, untuk menggunakan serangan ini, pemain harus memiliki chakra yang diperlukan seperti yang ditunjukkan oleh "bar chakra" yang berada di bawah keadaan kesihatan pemain. Menggunakan teknik mengeringkan bar chakra (yang dapat diperoleh kembali melalui pelbagai kaedah, termasuk kaedah khas untuk watak tertentu). Teknik khas ini tidak dilakukan dalam masa nyata, bagaimanapun; setelah berjaya dilaksanakan, sinematik berlaku, di mana pemain harus mengisi bar ke tahap tertentu atau menekan butang yang digambarkan di sudut skrin lebih cepat daripada lawan mereka untuk memastikan serangan berada pada kekuatan penuh. Semua watak-watak boleh menggunakan jutsu penggantian, walaupun beberapa watak-watak menggunakan versi yang berbeza (dua varian Penggantian wujud, satu yang menghindari serangan normal, dan satu lagi yang memulakan permainan tarik-menarik seperti permainan mini menjugel lawan). Juga, beberapa watak mempunyai transformasi khusus yang tersedia untuk mereka (seperti Ten no Juin (天の呪印, lit. "Segel Kayangan Terkutuk") oleh Sasuke dengan jumlah chakra yang tepat atau, dalam permainan kemudian, dengan berjaya melaksanakan teknik khas mereka). Dua permainan pertama dari siri Ultimate Ninja membolehkan pemain melakukan tiga serangan teknik rahsia yang berbeza menggunakan tiga tahap Chakra yang berbeza (merah, ungu, dan biru, mengikut urutan paling lemah hingga terkuat), dua teknik terkenal yang berbeza, dan pelbagai tendangan dan pukulan. Walau bagaimanapun, dalam Ultimate Ninja 3, pemain hanya dibenarkan menggunakan satu teknik serangan rahsia, selain serangan dan teknik yang lain. Untuk mengimbangi ini, pemain akan dibenarkan memilih teknik rahsia pilihan mereka sebelum setiap pertempuran, tetapi tidak semua teknik rahsia akan tersedia pada awal permainan. Teknik rahsia yang berbeza mesti diperoleh melalui mod cerita dan menyelesaikan misi.   [ <span title="This claim needs references to reliable sources. (October 2015)">petikan diperlukan</span> ]